Казалось, что чаша весов окончательно склоняется на сторону императора, но война бушевала еще долгих 13 лет. Теперь пробил час Франции, так как перед ней замаячил призрак окружения австрийскими и испанскими Габсбургами. В мае 1635 г. французские армии двинулись в Нидерланды, на Рейн и в Южную Германию.
Вновь почти по всей немецкой земле заполыхал пожар войны. Шведы сражались с имперцами в Баварии, Силезии и Моравии, а попутно отобрали у единоверной Дании часть Шлезвига. Французы громили испанцев в Эльзасе и Нидерландах, хотя огрызающиеся солдаты дона Хуана Австрийского временами наносили им ощутимые ответные удары и почти уничтожили фландрскую армию.
На четвертом этапе войны разорение Германии достигло ужасающих размеров. По стране бесконечно маршировали военные полки, повсюду бродили банды дезертиров и мародеров, грабивших всех, кто попадался на их пути. С горечью писал об этом в драме «Валленштейн» Фридрих Шиллер: «Растоптаны ремесла и торговля. А солдатня бесчинствует везде. В огне пылают городские кровли. И нет конца бессмысленной войне».
Изголодавшиеся и одичавшие, люди прятались в землянках и норах, ели крыс и мышей, корни и траву, было множество случаев людоедства. В разрушенной стране уже не оставалось ресурсов для содержания армий, численность которых таяла на глазах от голода, болезней и дезертирства.
Первоначальный религиозный дух давно испарился. Конечно, война имела и религиозный характер, но его не стоит преувеличивать. Так, саксонский курфюрст и Франция участвовали в войне не на стороне своих единоверцев, а все конфессии не раз заключали между собой союзы. Религия идеологически подкрепляла политические мотивы, но отходила на второй план, если между ними приходилось выбирать.
Наконец, после полного истощения в Мюнстере и Оснабрюке, с декабря 1644 г. начались мирные переговоры империи с Францией и Швецией. Пока переговоры топтались на месте, каждая из сторон старалась усилить свои позиции новыми захватами. Так, в начале 1648 г. французы в Баварии вышли на берега Инна, а шведы внезапным лихим наскоком ворвались в Прагу и осадили центр города. После этого император быстро согласился на все условия.
По Вестфальскому миру 1648 г. в империи восстанавливалось положение, действовавшее в 1624 г., т.е. подданные получали право исповедовать любую религию независимо от веры их правителя. Швеция получила территории в устьях северогерманских рек - Одера, Эльбы и Везера, порты Висмар и Штеттин. Почти весь Эльзас и часть Лотарингии отошли к Франции. Практически уже давно отделившиеся от империи Швейцария и Нидерланды получили официальную независимость.
Прежнее устройство империи было дополнено новыми положениями. Впредь все имперские институты должны были состоять из равного числа католиков и протестантов. Для решения религиозных проблем в рейхстаге создавались отдельные конфессиональные курии. Кальвинизм был признан в качестве третьего равноправного вероисповедания, что делало империю многоконфессиональной. Вместе с тем за князьями сохранялась верховная власть при решении светских и духовных вопросов. Они получили право иметь собственную постоянную армию, заключать любые союзы между собой и с иностранными державами, только не против императора. Это превращало немецких князей в субъектов международного права, хотя полнота их суверенитета формально ограничивалась долгом верности империи и ее институтам - рейхстагу, судебной палате, придворному совету императора, ленниками которого они как бы оставались.
Закрепленная суверенностью всех территориальных владений политическая раздробленность Германии, гарантами которой выступали Франция и Швеция, превращала империю в арену политики и дипломатии прочих держав.